Theo đó, ngày 09/01/2013, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 04/2013/TT-BTC hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí qua phà (thay thế Thông tư số 62/TT-LB). Tại Điều 3 quy định: Việc miễn, giảm phí qua phà được thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 1 của Nghị định số 24/2006/NĐ-CP. Ngay sau khi Thông tư số 04/2013/TT-BTC được ban hành, Bộ Tài chính đã nhận được ý kiến đóng góp của dư luận xã hội về một số điểm bất cập trong quy định thu phí qua phà, trong đó đối tượng được đề cập là học sinh, trẻ em, thương, bệnh binh.

Căn cứ Nghị định số 24/2006/NĐ-CP về thẩm quyền quy định đối tượng chịu phí qua phà, đối tượng không chịu phí, mức thu phí khác nhau đối với từng đối tượng, phí qua phà đối với phà thuộc trung ương quản lý, Bộ Tài chính quyết định sửa, đổi bổ sung khoản 3 vào Điều 2 Thông tư số 04/2013/TT-BTC quy định về đối tượng chịu phí và người nộp phí qua phà, trong đó khẳng định không thu phí qua phà đối với: Thương binh, bệnh binh, học sinh và trẻ em dưới 10 tuổi (bao gồm cả trường hợp đi xe đạp).

Để đảm bảo sự công bằng, chính xác đối với các đối tượng trên, cũng như đảm bảo cho công tác kiểm soát của cơ quan quản lý, khai thác, vận hành phương tiện phà, phù hợp với tình hình thực tế và đúng nguyên tắc quy định tại Pháp lệnh phí và lệ phí, Bộ Tài chính cũng quy định khi qua phà các trường hợp kể trên phải xuất trình các giấy tờ (bản sao có công chứng, chứng thực) cần thiết như sau: Thẻ thương binh, bệnh binh hoặc giấy chứng nhận đối với thương binh, bệnh binh; Thẻ học sinh hoặc giấy chứng nhận của Nhà trường đối với học sinh; Giấy khai sinh đối với trẻ em.

Theo Bộ Tài chính, Thông tư số 61/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 25/6/2013; các nội dung khác liên quan đến phí qua phà không đề cập tại Thông tư này vẫn được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 04/2013/TT-BTC ngày 09/01/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí qua phà.

Bộ Tài chính cũng đề nghị, trong quá trình triển khai thực hiện, nếu có vướng mắc, các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để xem xét, hướng dẫn bổ sung.